卑南地名源自卑南語Puma，其意為「尊稱」，是為紀念一百八十多年前卑南族大頭目「鼻那來」（Pinara）。傳說中鼻那來聰明蓋世，有漢人血統，除了建立部落典章與納稅制度，又控制附近各大族，發展迅速統治臺東縱谷，使卑南成為近代奇。荷蘭人稱之為「卑媽拉」（Pimala），漢人則簡稱為「卑南」，沿用迄今。
另外根據族中耆老的說法，當卑南社的會所增到六所時，長老們認為過多的會所易生事端，決定不再增加，其後產生的家族都合併在六個組統中，以整合全族的防禦力量，此行為在卑南語中稱為Punuyuma（集中、團結之意），自此Puyuma成為卑南族之族名。
卑南鄉舊稱「埤南」，在清初時期嚴禁漢人進入，可是禁者自禁，為求生計而移墾後山者仍大有人在。至咸豐年間，冒險至此拓墾的漢人愈來愈多，與原住民雜居混處不免發生爭端，所以光緒元年就設置了卑南廳（西元1875年），光緒十三年（西元1887年）改廳為直隸州。中日馬關條約日本割據台灣後，更名為卑南庄役場。至民國三十四年抗戰勝利，實施地方自治後改為卑南鄉。當時有23村，是全省面積幅員最大、村落最多的鄉鎮，但於民國63年為因應當時之臺東鎮升格為縣轄市，而將本鄉精華區：卑南、南王、知本、建和、富崗等10村的行政區域劃歸臺東市，除了人口與面積銳減，鄉治遷移到太平村之外，也形成「卑南」不在卑南鄉奇特現象 。
現有賓朗、美農、初鹿、明峰、嘉豐、太平、泰安、利嘉、東興、溫泉、 富源、利吉、富山13村。